在消灭了约瑟夫·席德的所有副手之后，来到希望郡的邪教大本营与约瑟夫见面便可触发《孤岛惊魂5》的结局。

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《孤岛惊魂5》中有三中不同的结局。

这个结局是需要你在邪教大本营面对圣父时选择“反抗”。

圣父会提议让你放下枪平安离去，如果你拒绝的话，他就会泄露身边两大桶的“极乐”，让所有人都进入幻觉状态。

在毒品的影响下，你的队友会和圣父一起袭击你。这时你需要攻击他们。在被击中几次后，他们就会进入等待“复活”的状态，在重新站起来后，他们就会恢复理智，重新回到你的队伍中。

而如果他们倒下后是被圣父救起的，他们仍会继续攻击你。在复活了所有同伴之后，解决掉圣父，他会在被击败之后继续向你说教。

然而，就在他说话时，远处突然发出耀眼的光芒，蘑菇云随之升起，震耳欲聋的爆炸声此起彼伏。你和其他伙伴们一起驾驶卡车慌忙逃生，你们必须在核辐射到来之前进躲入道齐的地堡之中。

在到达地堡之前，你的车意外撞到了一棵树。从昏迷中醒来后，你最终铐在道齐地堡的一个铺位上。道齐就躺在地板上，生死未卜，而圣父则站在你面前。他哀叹失去了自己的家人，但他发誓将会用建一个新教会，而你将会成为他的第一个子民。

游戏并没有向玩家解释核爆的原因是什么，它是由约瑟夫本人触发的（他的副手确实可以进入废弃的导弹发射井，或许他们发现了一些被遗忘的核弹头），还是一个碰巧在此刻发生的与剧情毫不相关的国际事件，我们无从得知。

希望郡的大部分居民应该都已经死于了这场核爆，因为地堡中并没有出现别的居民，而在最后逃生的时候也只能在路上看到少数几辆逃亡的汽车。警长和哈德逊在车祸中非死即伤，而且也没有出现在地堡中。

达成本结局需要你在邪教大本营面对圣父时选择“离开”。

选择离开，你和警长、普瑞特以及十分不情愿的哈德森就会一起驾驶一辆皮卡离开邪教大本营，把你在游戏中结识的所有希望郡居民抛之脑后。

在开车离开后，警长向哈德森保证他们不会放弃希望郡，相反，他们会撤退到米苏拉，找到国民警卫队并返回解放该地区。但是，当警长打开汽车收音机播放起音乐时，一首《Only You》突然响起，你的实现会突然变红，之后游戏就会结束并播放开发人员名单。

因为这首《Only You》是雅各用来把主角变成暴怒状态的歌曲，所以我们可以猜想这首歌曲引发了邪教对主角的洗脑，之后主角就在伙伴们还没来得及告知警卫队的时候袭击了车上的其他同伴。

和《孤岛惊魂4》一样，《孤岛惊魂5》在游戏一开始也设置了隐藏结局。

在游戏的开场动画结束之后，主角会跟随着警长和法警离开直升机，来到邪教组织的教堂中。在愤怒的邪教徒们离开教堂后，法警会让你逮捕圣父。 这时你不是一定要遵从屏幕上的提示，你也可以什么都不做。

几分钟后，怀特豪斯警长就会放弃抓捕圣父，一行三人放弃了自己的使命并离开教堂，留下邪教组织继续为世界崩溃做着准备。